نام مبارک امام پنجم محمد بود . لقب آن حضرت باقر یا باقرالعلوم است ،بدین جهت که : دریای دانش را شکافت و اسرار علوم را آشکارا ساخت . القاب دیگری مانند شاکر و صابر و هادی نیز برای آن حضرت ذکر کرده اند که هریک باز گوینده صفتی از صفات آن امام بزرگوار بوده است .
کنیه امام " ابوجعفر " بود . مادرش فاطمه دختر امام حسن مجتبی ( ع ) است . بنابراین نسبت آن حضرت از طرف مادر به سبط اکبر حضرت امام حسن ( ع ) و از سوی پدر به امام حسین ( ع ) می رسید . پدرش حضرت سیدالساجدین ، امام زین العابدین ، علی بن الحسین ( ع ) است .
تولد حضرت باقر ( ع ) در روز جمعه سوم ماه صفر سال 57هجری در مدینه اتفاق افتاد . در واقعه جانگداز کربلا همراه پدر و در کنار جدش حضرت سید الشهداء کودکی بود که به چهارمین بهار زندگیش نزدیک می شد .
دوران امامت امام محمد باقر ( ع ) از سال 95هجری که سال درگذشت امام زین العابدین ( ع ) است آغاز شد و تا سال 114ه . یعنی مدت 19سال و چند ماه ادامه داشته است